Awal terjadinya kepulauan Jepang dimulai pada masa Palaozoic. Kala itu Jepang masih merupakan dasar lautan. Setelah memasuki masa Mesozoic, dasar lautan yang dimaksud mengalami perubahan dan membentuk daratan yang menyambung dengan Asia. Namun, pada akhir periode III masa Cenozoik, daratan tersebut kembali ke dasar laut. Pada periode IV masa Deluvium, dasar laut tersebut timbul kembali dan sekali lagi menyatu dengan Asia. Setelah mengalami banyak perubahan alam dan cuaca, pada zaman es ke-3 (Dilivium), daratan yang menyatu dengan Asia ini berangsur-angsur mengalami penurunan dan membentuk kepulauan Jepang seperti sekarang ini. Jepang yang memiliki ¾ kawasan pegunungan atau + 70% dari keseluruhan daratan memiliki empat musim yang berbeda. Empat musim tersebut adalah musim semi/haru (Maret – Mei), panas/natsu (Juni – Agustus), dingin/fuyu (September – Nopember), gugur/aki (Desember – Februari). Meski perubahan-perubahan iklim & cuaca sangat dinantikan masyarakat Jepang, ternyata Jepang sangat rawan terjadi gempa bumi dan bencana alam akibat letak geografisnya yang dipenuhi dengan pegunungan dan bukit-bukit. Penghuni Jepang sendiri berasal dari beberapa negara yang bersinggah dan melakukan jual beli. Banyak pihak yang berpendapat berbeda akan hal ini. Masyarakat awam cenderung beranggapan bahwa suku Ainu lah sebagai penduduk pertama Jepang. Namun, pendapat tersebut belum dapat dibenarkan. Pendapat lain juga menyebutkan bahwa penduduk asli atau nenek moyang Jepang adalah yang memiliki kebudayaan Jōmon. Hal ini dikarenakan telah ditemukannya fosil dari hasil kebudayaan Jōmon. Ada pendapat lain yang menyebutkan, dan terkenal dengan sebutan Teori Selatan-Utara bahwa nenek moyang Jepang yang asli berasal dari daratan Asia yang tinggal dan menamakan dirinya sebagai Kikajin yang berawal pada jaman Yayoi. Teori Selatan menyebutkan bahwa nenek moyang Jepang berasal dari Asia Tenggara seperti Tibet, Taiwan, Kepulauan Pasifik Barat Daya, Melayu, dan bahkan Indonesia. Teori ini dapat dibenarkan dengan adanya penemuan tentang cara bercocok tanam yang dilakukan oleh nenek moyangnya dengan cara membuat sawah. Teori Utara menyebutkan lain. Di sini disebutkan bahwa nenek moyang Jepang berasal dari pusat daratan Asia seperti Mongol, Manchuria, Siberia, dan Turki. Teori juga dapat dibenarkan karena tata bahasa yang digunakan dalam keseharian msyarakat Jepang sesuai dengan susunan bahasa Korea, Ural, Turki, dan sebagainya.
Sejarah Indonesia meliputi suatu rentang waktu yang sangat panjang yang dimulai sejak zaman prasejarah berdasarkan penemuan "Manusia Jawa" yang berusia 1,7 juta tahun yang lalu. Periode sejarah Indonesia dapat dibagi menjadi lima era: Era Prakolonial, munculnya kerajaan-kerajaan Hindu-Buddha serta Islam di Jawa dan Sumatera yang terutama mengandalkan perdagangan; Era Kolonial, masuknya orang-orang Eropa (terutama Belanda) yang menginginkan rempah-rempah mengakibatkan penjajahan oleh Belanda selama sekitar 3,5 abad antara awal abad ke-17 hingga pertengahan abad ke-20; Era Kemerdekaan Awal, pasca-Proklamasi Kemerdekaan Indonesia (1945) sampai jatuhnya Soekarno (1966); Era Orde Baru, 32 tahun masa pemerintahan Soeharto (1966–1998); serta Era Reformasi yang berlangsung sampai sekarang.
